Những điều kiện tự nhiên nơi cây ngập mặn sinh sống thước khắc nghiệt như: Ôxy trong đất bùn lầy thường thấp, tuy ngập nước thường xuyên nhưng nước ngọt khan hiếm, độ mặn cao từ 30.000 tới 40.000 ppm đối với nước biển bình thường, và lên đến 90.000 ppm ở những khu vực mà muối bị cô đặc do hiện tượng bốc hơi của nước (độ mặn của nước uống hằng ngày thường vào khoảng 100 ppm).

Tuy nhiên, cây ngập mặn đã đặc biệt phát triển những khả năng để cho phép chúng phát triển trong những điều kiện như vậy.

Rễ

Hệ thống rễ của cây ngập mặn giúp cây đứng vững trong môi trường đất bùn mềm bằng cách mọc hướng xuống từ thân cây và hay phát triển theo phương ngang dưới mặt đất.

Hoạt động hô hấp của cây rừng ngập mặn được thực hiện thông qua những lỗ thông khí (những khoảng mở nhỏ trên thân hoặc rễ). Một vài loài cây ngập mặn đã phát triển những hệ thống rễ chuyên dụng để đảm bảo các lỗ thông khí nằm phía trên mực nước thủy triều hay bùn (vốn gây thiếu ôxy).

Một vài loài cây ngập mặn phát triển rễ khí sinh, còn gọi là rễ có những lỗ thông khí ngoi thẳng lên từ lớp đất bùn nước. Một vài rễ khí sinh trông giống như ống thở của thợ lặn và thường vươn lên khỏi mặt nước hoặc bùn khoảng 30 cm (như rễ của cây mắm). Những rễ khí sinh khác, khi đã vươn cao khỏi mặt nước hoặc bùn, có thể gập lại và quay ngược trở lại lòng đất, còn gọi là rễ chân Nôm, cây bần (như rễ của cây đước, cây dà).Một số loài cây ngập mặn phát triển hệ thống rễ giúp trụ đỡ cho thân cây, nơi có các lỗ thông khí nằm trên mặt nước hoặc bùn.

Rễ cây rừng ngập mặn chủ yếu là rễ chống. Chỉ có cây mắm là rễ thở.

Khả năng chịu mặn

Cây rừng ngập mặn có thể thích nghi cao để phát triển trong những môi trường nhiễm mặn. Những loài cây ngập mặn khác nhau sử dụng một hoặc kết hợp những quá trình sau để thích nghi với những điều kiện nhiễm mặn:

Ngăn chặn - một số loài cây ngập mặn có hệ thống rễ với đặc tính không thấm cao, đóng vai trò như những bộ lọc chỉ cho phép nước ngấm qua và muối bị giữ lại bên ngoài;

Loại trừ - một số loài cây ngập mặn có thể loại thải muối từ thân chính thông qua những tuyến muối trên lá do vậy lá của những loài này thường có vị mặn;

Tích lũy - một số loài cây ngập mặn tích lũy những lượng muối dư thừa vào vỏ cây hoặc lá cây của chúng.

Nước ngọt bị giới hạn

Vì nước ngọt có thể khan hiếm ở những khu vực cây rừng ngập mặn sinh sống, chúng đã phát triển những cách thức nhằm hạn chế lượng nước bốc hơi qua lá cây. Một số loại cây ngập mặn có thể hạn chế việc mở những lỗ thở (các lỗ nhỏ trên lá cho việc trao đổi không khí), trong khi những loài khác có thể thay đổi hướng nghiêng của lá để tránh ánh nắng gay gắt giữa trưa.

Hạt giống

Cây rừng ngập mặn sinh ra những hạt giống được gọi là những trụ mầm vốn được thích nghi để tăng cường khả năng tái sinh trong những điều kiện đặc biệt của rừng ngập mặn.

Trụ mầm phát triển ngay trên cây mẹ của rừng ngập mặn. Ở một số loài trụ mầm sẽ được giữ lại ở trái cho đến khi trái chín và rơi khỏi cây. Ở những loài khác, những trụ mầm mọc xuyên qua trái khi vẫn còn ở trên cây và đạt được một kích cỡ đáng kể trước khi rơi xuống nước.Một số trụ mầm có khả năng nổi vì thế khi chúng rơi xuống khỏi cây, chúng sẽ trôi theo nước ra xa trước khi chúng tìm được một chỗ thích hợp để phát triển.

Sự phân ranh giới tự nhiên

Mỗi loài cây ngập mặn có những đặc tính riêng và mọc tốt nhất ở những khu vực nhất định dọc theo bờ biển. Điều này có thể là nguyên nhân chính tại sao ở một số bờ biển có thể quan sát thấy sự phân định ranh giới tự nhiên, với một số loài nhất định sống ở gần biển (ở khu vực nước sâu và chảy mạnh hơn) và một số loài khác sống ở gần bờ hơn (ở khu vực nước nông và chảy êm dịu hơn).